Les 17 communes du département ont délégué la mission de production et de distribution d’eau potable à un syndicat unique, le Syndicat Intercommunal de l’Eau et d’Assainissement de Mayotte (SIEAM), qui a confié l’exploitation pour l’eau potable à la Société Mahoraise des Eaux (SMAE) par un contrat de délégation de service public. Le service comprend aujourd'hui de l'ordre de 38 000 abonnés.
A Mayotte, l’eau utilisée pour la production des eaux de consommation humaine (EDCH) provient de ressources de surface comme les rivières, les retenues collinaires et l’eau de mer, et de ressources souterraines exploitées par des forages. Les prises d’eau de surface essentiellement situées dans la partie nord de l’île représentent 79% des ressources d’eau destinées à la production d’eau potable et seulement 21% proviennent des forages.
La totalité des eaux prélevées dans le milieu naturel fait l’objet d’un traitement avant distribution au travers de six unités de production d’eau potable : 5 stations de traitement des eaux douces de surface et souterraines en Grande Terre et 1 unité de dessalement de l’eau de mer en Petite Terre.
Le contrôle sanitaire des EDCH est mis en œuvre par l’Agence Régionale de Santé Océan Indien (ARS OI) en application du code de la santé publique. On observe globalement, une bonne qualité bactériologique et physico-chimique de l'eau destinée à la consommation humaine en 2015.
En 2013, 28 % des ménages mahorais (15 000 ménages) ne disposent pas d’eau courante dans leur logement (enquête logement INSEE). L’amélioration de l’accès à l’eau doit permettre d’endiguer la propagation des foyers de maladies hydriques, qui sont endémiques à Mayotte. Les recommandations sanitaires mettent l’accent sur la mise en place de mesures relatives à l’assainissement et à l’amélioration de l’accès à l’eau potable (56 bornes fontaines sont aujourd'hui en fonctionnement, à l’initiative de l’ARS).
Le territoire a connu ces dernières années une hausse forte et régulière de la consommation moyenne d'eau par habitant d'une part, et du nombre des habitants desservis de l'autre, avec pour conséquence l'absence de marge de sécurité entre la production et la consommation ce qui conduit d'ores et déjà à des périodes récurrentes de risque de pénurie.
Un Plan d'Urgence Eau pour Mayotte a été signé en février 2017 entre les ministères de la transition écologique et solidaire et de l'outre-mer, la caisse des dépôts et des consignations et l'agence française de développement pour accompagner le SIEAM dans la mobilisation de nouvelles ressources. Il s’est traduit par la réalisation d’études et de travaux pour un montant de 25 M€. Ces opérations devraient permettre de mobiliser environ 1,5 millions de m³ d’eau supplémentaire d’ici fin 2018, soit 15 % de la production annuelle d’eau potable. L’extension de l’usine de dessalement a augmenté la part d’eau dessalée de 5 % à 13 % de la ressource totale, assurant ainsi une plus grande indépendance vis-à-vis des précipitations.